Il porto naturale � formato da una penisola articolata che racchiude un vasto specchio acqueo di circa 820.000 metri quadrati con imboccatura a NW di metri 400 e fondali che consentono l'attracco diretto alle banchine anche a navi di grosso tonnellaggio.Le banchine del porto si estendono per circa 1.800 metri a partire dalla sede a mare della Capitaneria di Porto , sita presso l'imboccatura (lato W) del porto, fino alla banchina Egeo. I fondali variano da 7 a 70 metri. La profondit� media dell'intero bacino � pari a 40 metri, mentre i fondali in banchina sono ricompresi tra i 6,5 e 11 metri. Le banchine, attrezzate con gru, fisse e mobili, e dotate di binari per i collegamenti ferroviari.
Nell'accesso in porto occorre mantenere la dritta verso il fanale verde, posto in prossimit� della sede operativa della Capitaneria di Porto, mentre in uscita occorre mantenere la dritta verso il fanale rosso, posto in prossimit� del Forte San Salvatore. Notevole � il traffico traghetti. La principale attivit� del porto di Messina � costituita dalla movimentazione dei passeggeri che nel 2005 ha raggiunto un totale di 9.603.498, nella cifra sono considerati i passeggeri che quotidianamente collegano la Sicilia con il continente.